O dediğiniz şey FTP veya site dosyaları olmadan yapılmaya kalkışılırsa uğraştırır, bu işlerden anlayan kişiler sitenizin dosyalarını çalmaz ki çalacak olsa FTP'ye gerek bile yok tasarımı göz kararıyla klonlayabilirler. Yine güvenmiyorum diyorsanız sadece ilgili HTML dosyasını gönderirsiniz temiz kod yapısını falan atlayıp bütün JS ve CSS kodlarını sayfanın içine doldururuz siz de main js ve style dosyanıza geçirirsiniz ancak bu duruma önce sizin razı olmanız lazım. İş alımı devam ediyorsa bu şekilde yaparım.