O zaman şöyle söyleyelim;
PDO'nun asenkron sorgu desteği dışında hiçbir eksikliği yok. Düzgün kullanıldığı takdirde her ikisi de kullanılabilir. Olayları prepared statements dediğimiz muhabbet. Güvenlik ve performans.
Fakat ben OOP'den ötürü şahsi olarak PDO'yu kullanıyor ve tavsiye ediyorum. Fakat eski fonksiyon mysql alışkanlığı olan arkadaşlar için mysqli daha kolay gelecektir.