deneyin hocam. şifreledikten sonra sayfa yapılarınızı virustotal jotti gibi yerlerde taratın bakalım şifrelemeyi düzgün ve anlamlı yaptıysa virüs bulmaz. ama genelde yanlış şifrelenmiş yapısı bozulmuş kodlar positive false olarak işaretleniyor oda sıkıntı oluyor. yani temiz dosyalarınız virüslü muamelesi görebilir.