Yorumları şöyle bir şekilde çektiğinizi düşünüyorum, a konusunda kayıtlı 10 yorum var 3 ana yorum diğerleri alt yorum. Tek bir döngüde tüm bu yorumları çekiyorsunuzdur büyük ihtimal şöyle bir senaryo düşündüm. Misal foreach ile tüm yorumları aldınız bu döngü içinde if ile alt yorum olup olmadığını kontrol ettiniz, döngü dışında bir sayı değişkeni tutun $count = 1 şeklinde, döngü içinde de $count = 1 kullanıp her ana yorumda sıfırlatın, alt yorun kontrolü yaptığınız yerde bu sayıyı +1 şeklinde arttırıp print ile hem döngüde hem ifte yazdırın.

Kod ile örneklendireyim.

$count = 1;
foreach($comments as $comment){
if(alt yorum kontrolü){
$count += 1;
echo $count;
}else{
$count = 1;
}
echo $count;
}