Projem büyük ve Zend Framewok severim dersen Magento iyidir. Bauhaus, Coca Cola gibi büyük firma tarafından tercih görmüştür. Diğer altyapı seçeneklerine göre daha fazla donanım gücüne ihtiyacı vardır.
Bunun haricinde MVC+L framework yapılarını severim dersen Opencart yada Prestashop kolaydır.
Prestashop Symfony framework kullanırken, Opencart kendi framework sistemi üzerinde çalışır. Ama bir Symfony değildir . Bu sebepten Opencart için daha az donanım gücüne ihtiyaç vardır.(Eklenen modüllere göre değişiklik gösterir.)
Opencart dizin yapısı Prestashop'a göre biraz daha kolaydır. Opencart yönetim panelini daha hızlı kullanabilirsiniz. Menü yapısı sebebiyle aradığınız şeyler avucunuzun içindedir.
Opencart 2.x sürümlerinde 3.x sürümlerine göre daha fazla ücretsiz modül vardır.
Opencart 3.x sürümleri 2.x sürümlerine göre daha kalitelidir. So-Ladaz temasını tavsiye ederim. Ücretsiz sürümü de gayet profesyoneldir.
Prestashop'un market yapısı güzeldir. Wordpress'deki gibi yönetim panelinden marketteki modülleri direk yükleyebilir ve sistemsel güncellemeleri yapabilirsiniz.
Opencart sürümleri arasında güncelleme yapmak istediğinizde bazen işler karışabiliyor. Bu durumu çözebilecek yetide olmanız gereklidir.
Opencart'ta gördüğüm en büyük eksikliklerden biri, çoklu para birimi olmamasıdır. Yani ana para birimi neyse tüm ürünler o birimde eklenirler. Bir ürün size USD ile gelirken diğeri EUR veya TRY ile gelebilir. Elbette bunu yapan modüller var. Ancak stabil çalışanları ücretlidir. Sizden alacağı iş yükünü düşünürsek aldıkları ücreti gerçekten hak ediyorlar. Kur sistemini merkez bankasına göre ayarlamanızı ve efektif kurdan çektirmenizi tavsiye ederim. Varsayılan sistemde Yahoo üzerinden çekiyor olması lazım.

KISACASI
İşim görülsün, ürünlerimi satayım çok da uğraşmamayım derseniz PRESTASHOP
Sisteme tam olarak hakim olayım, program dışa bağımlı olmasın, geliştirip, yapıyla oynayayım, kendi paketimi oluşturayım, sağa sola Opencart değil de kendi yazılımım diye satayım dersen OPENCART
Projem çok büyüyecek, ileri PHP bilgim var, sistem benim işim dersen MAGENTO