Merhaba,
Sorun muhtemelen şu, sorguyu direk array'e çeviriyorsun. Bu yüzden PHP empty() fonksiyonu da dolu olarak görüyor. Önce sorgunu çalıştırır boş olup olmadığını kontrol edersin daha sonra fetch_assoc yaparsın. Ya da $kontrol değişkeninin içindeki array'in boş olup olmadığını kontrol edersin.
Sizin dediğiniz nasıl oluyor hocam?
Örnek verebilir misiniz?