Merhaba,
my.cnf dosyanızda /etc/my.cnf konumunda olur genelde innodb_buffer_pool_size değerini düşürebilirsiniz. örneğin 100M olarak 128M yerine ;
innodb_buffer_pool_size=100M
Sonrasında MySQL servisini restartlayın değişikliğin etkili olması için :
service mysqld restart || service mysql restart || service mariadb restart
Söylediğiniz kodu daha önceden eklemiştim ama işe yaramamıştı. Sunucunun ram 2GB yapınca düzeldi ama tabii bunu yapmak istemiyorum aslında
!includedir /etc/mysql/conf.d/
!includedir /etc/mysql/mysql.conf.d/
!innodb_buffer_pool_size=100M