​​​​bu tür islemler için ajax kullanıyorum, kullandığınız yapı nasil işliyor bilmiyorum, tahminen yapınız şu şekilde:

Bir php dosyanız var, bu dosyaya gelen post isteğinden sonra işlemler başlıyor.

Eger bir döngü içerisinde islem gerceklesiyorsa döngüyü kaldırın, tekil işlem yapsın.

Sonrasında ilgili dosyaya isteklerinizi ajax ile gönderin, ajax istekleri arasında bir süre koyun. 1 işlem ortalama 10 saniye sürüyorsa istek aralıklarını 12 saniye gibi ayarlayın.