array_keys($json[0]['numbers'])[0] şeklinde erişebilirsin.
echo $arr["0"]["numbers"][0] şöyle bir denermisin.
Notice: Undefined offset: 1 hatası verdi şöyle denediğimde;
echo array_keys($json[0])[1]; & echo array_keys($json[0])[0]; & $json["0"]["numbers"][0]