Yok hocam, kb şimdi anladım. Hızlı okuyup geçince etiketi direkt bildiğimiz etiket olarak algılamışım. Bu durumda regex kullanmak daha sağlıklı olur.

Şu şekilde deneyebilir misiniz?

function aff_link($affkelime){
$replace = array(
"/<[^>]*>(*SKIP)(*F)|[^<\r\n ]?r10/msi" => '<a href="#">r10</a>',
"/<[^>]*>(*SKIP)(*F)|[^<\r\n ]?r20/msi" => '<a href="#">r20</a>',
);
return preg_replace(array_keys($replace), array_values($replace), $affkelime);
}
add_filter('the_content', 'aff_link');
add_filter('the_excerpt', 'aff_link');

Çook teşekkürler hocam. Hem arkadaşın işi çözüldü hem ben de bir şey öğrenmiş oldum :')

@axeon; hocam siteyi kontrol edebilir misiniz siz de?