Header ve footer'ı ayrı sayfalarda tutup çekerseniz php de sizi kod karmaşasındır kurtarır. Admin klasör ismini daha tahmin edilemez olması yararınıza olmalı (eğer tüm güvenlik önlemlerini alabilirim diyorsanız sorun değil). Ulaşılmamasını istediğiniz klasörleri Robots ile engelleyin. Klasör adları bence artık eskisi kadar anlam ifade etmiyor sonuçta büyük siteler images klasörü açmıyor cdn kullanıyor.