var zamanlayici= setInterval(yenitimer, 5000);
var sayi = 1;
function yenitimer(){
if(sayi==3){
sayi=1;
alert(sayi);
}else{
  sayi +=1;
alert(sayi);
}
  }

Alerti sayıyı ekrana yazdirmak için koydum.Siz alert yazan satırları silerek; çalışmasını istediğiniz kodu yazabilirsiniz.