Dillerin kendi içerisinde bu işlemleri yapabileceğin kütüphaneleri mevcut, veya shell komutları ile linux içi paketlerini kullanarak da yapabilirsin.

Örneğin libre office'in pdf2epub eklentisi mevcut. Php açısından konuşursak shell_exec ile libreoffice'e pdf dosyasını epub'a çevirmesi için bir komut gönderip çıkan dosyayı web sitesinde yayınlayabilirsin.