Merhaba tastanbilal,

1- Sunucunuzda barınan web sitelere ait scriptleri optimize ettirin.
2- Mysql tarafında my.cnf optimize edin veya ettirin.
3- Memcache, memcached kurun kullanın. Scriptinizi memcached a göre optimize edin veya ettirin.
4- Mysql altında process list i inceleyin hangi veritabanının hangi sorguları oluşturduğunu takip edin.
5- Olası saldırı ihtimaline karşı antiddos çözümleri yapılandırın veya bir sistem uzmanına yapılandırtın. Bilginiz yok ise cloudflare kullanın.

İyi çalışmalar.