Merhaba,
Yazılımdan kaynaklı sorun yoksa sorgularda yani mysql optimizasyonu ile çözülebilir. Sunucu optimizasyonu ile yazılımsal sorunlar çözülmez çünkü. Yazılımınızda sorun olduğunu düşünmüyorsanız iletişime geçebilirsiniz mysql optimizasyonu için sunucu tarafını en iyi hale getiririm.