Merhaba,

yum clean all && yum upgrade -y && reboot

Sonrasında sunucu açılınca ilgili sitenin file managerına girince sağ üstte fix permissions olmalı ona basıp deneyebilirsiniz,

Ek olarak script ile de deneyabilirsiniz bknz https://github.com/whattheserver/cyberpanel-fixperms