Hocam sadece css ve js kodlarını değistirecekseniz ve bu kodları veritabanından çekmiyorsanız sadece public_html yedeği almanız yeterlidir. Hem html sayfalarında da değişiklik yaparsanız bunları kolay bir şekilde geri getirebilirsiniz, güzel olur.
Bu konularda bilgim kısıtlı WordPresss kullanıyorum nasıldır sizce? Veritabanı ile bir işim olur mu?