Şu kodu temanızın functions.php dosyasına koyarak belirtilen oranda indirim yapılmasını sağlayabilirsiniz:

$indirim_yuzdesi = 10;
add_filter('woocommerce_product_get_price', 'wc_urun_indirim', 10, 2);
function wc_urun_indirim($fiyat, $urun){
    global $indirim_yuzdesi;
    if(is_shop() || is_product_category() || is_product_tag() || is_product()) {
        return $fiyat - (($fiyat / 100)*$indirim_yuzdesi);
    }
    return $fiyat;
}
add_filter('woocommerce_add_cart_item', 'wc_sepet_indirim', 20, 2);
function wc_sepet_indirim($sepet, $cart_item_key) {
    global $indirim_yuzdesi;
    $fiyat = $sepet['data']->get_price() - (($sepet['data']->get_price() / 100)*$indirim_yuzdesi);
    $sepet['data']->set_price($fiyat);
    $sepet['fiyat'] = $fiyat;
    return $sepet;
}

add_filter( 'woocommerce_get_cart_item_from_session', 'wc_sepet_session_indirim', 20, 3 );
function wc_sepet_session_indirim($session, $values, $key) {
    if (!isset( $session['fiyat'] ) || empty ($session['fiyat'])) {
        return $session;
    }
    $session['data']->set_price($session['fiyat']);
    return $session;
}

$indirim_yuzdesi kısmını 50 yaparsanız %50 indirim yapar, kendinize göre düzenleyebilirsiniz.

https://stackoverflow.com/questions/47788254/checkout-price-issue-using-woocommerce-product-get-price-hook