İkiside iyidir, pdo birden fazla database için kullanılırken mysqli sadece mysql'e özgü.

aralarındaki fark artık yok denecek kadar az, lakin benim testlerimde mysqli bir tık daha hızlı çalışıyor.
Pdo da farklı databaselere geçerseniz işinizi çok kolaylaştırıyor.

mysql kullandığımız zamanlarda mysqli geçmesi daha kolaydı çoğu işlem benzediği için, pdo yu sıfırdan öğrenmek yerine, öyle geldi öyle gitti