Merhaba ZyDn,

Olası nedenler;

1- Saldırı alıyor olabilirsiniz, sunucu firmanıza inceletmenizi öneririz.
2- Mysql optimizasyonu gerekiyor olabilir, mysqltuner çalıştırıp önerdiği değerleri kullanmayı deneyebilirsiniz, bu konuda teknil bilginiz yok ise sunucu firmanıza danışabilirsiniz.
3- Web sitelerinizden biri veya birkaçı kaynaklı yüksek mysql tüketimi söz konusu olabilir. İncelemenizi öneririz.
4- Sunucu taraflı yazılımsal bir kararsızlık söz konusu olabilir.
5- Mysql taraflı güvenlik sorunları söz konusu olabilir, örn mysql remote gibi ...
6- Diğer

İyi çalışmalar.