PHP dosyasını şöyle hazırlayın:
Bir döngü yazıp tüm kullanıcıları alıyorsunuz. Son aktivitesi 15dk'dan eski ise online değerini 0 yap, 15dk'dan eski değilse online değerini 1 yap.

Cron zaman kodu ise:

*/15 * * * *

Her 15 dakikada bir bu cron görevi çalışacaktır ve PHP dosyasını çalıştıracaktır şeklinde...

CPANEL veya PLESK kullanıyorsanız cron ayarlamak oldukça kolay zaten. Google'da örnekleri ve videoları mevcut.