Birleştirdiğinde aynı isimdeki kod yüzünden tema dağılabilir. Ancak wp için htaccess örnekleri mevcut. Bu kodlar ile css yükünü minimum a indirebilirsin yada farklı bir yöntem tüm css ler her sayfada kullanılmıyor çoğu zaman gerekli olan sayfalara lazım olan css kodlarını çağırabilirsin. Son yazdığım bence daha kesin bir çözüm.

fastest cache kullanabilirsin. Aslında birleştirmek yerine tek bir url üzerinden sunum yapıyor buda birden çok yüklemenin önüne geçiyor ve birleştirilmiş oluyor.

fastest cache eklentisi dışında css,js ve html minify yapan eklentilerin hepsi illa ki bir yerde bozukluk çıkarttı. Bazen sıkıştırma yapmamak daha iyi oluyor. Sayfa, yazı ve ilgili sayfalara gerekli optimizasyon ile çekiliyorsa bu işlemlere gerek yok. Tabi ki temanın kod mantığı da var. Kimi tema tek bir özellik için 5 js dosyası çekiyor.