Merhaba,

php.ini erişiminiz yoksa kendinize ait sunucuya geçmelisiniz bahsettiğiniz durum için. Kendinize ait sunucuda timeout değerlerini süresiz de kullanabilirsiniz -1 yaparak yani işlem sonlanana kadar devam eder timeouta düşmez. Tabi bu php tarafındaki timeout. MySQL, Webserver tarafında da belki limitlere takılıyor olabilirsiniz.