$dosya = file_get_contents('dosya.txt');
$exp = explode(PHP_EOL,$dosya);
$sites = array();
foreach($exp as $e){
    $sites[] = trim($e).'.com';
    //$sites[] = preg_replace('/\s+/','',$e);
}
print_r($sites);

zaten cevabı vermişler, benim takıldığım nokta fopen fread kullanımınız, eğer okuduğunuz dosya mevcut php nin kullanabileceği ram boyutundan büyük değilse fopen kullanmanıza gerek yok, direkt file_get_contents ile çekebilirsiniz, tabi alışkanlığınız bu yöndeyse dicek bişey yok. kolaylıklar