hHocam __DIR__ mevcut dosya konumundan başlatır.
Bu şekilde kullanmak yerine sitenizin kök dizindede bir sabit oluşturup diğer dosyalarda kullanabilirsiniz.
config.php

define('ROOT_DIR', __DIR__);

alt dosyalardan bu dosyayı manuel çağırırsanız diğer istek yapacağınız dosyalara fix bu değeri kullanabilirsiniz

include '../config.php';
include ROOT_DIR . 'inc/system.php';
include ROOT_DIR . 'theme/index.php';

gibi:

Alternatif olarak aşağıda ki şekilde DOCUMENT_ROOT kullanarak kök dizinden ilerleyerek çekebilirsiniz. Bunu bi sabite atama yaparsanız daha rahat kullanım olabilir

$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/inc/system.php';
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/theme/index.php';

Umarım yorumum sizin için faydalı olmuştur