subfolder kurarsanıza seo açısından bir kaybınız olmaz ama üyelik gerektiren bir siteniz var ise bir siteye üye olan diğer siteye üye olmadığı için sorun olabilir.
bir diğer problem; diyelim türkçe sitede A yazısını okuyorsunuz. ingilizce linkine tıklayınca A yazısının çevirisini değil ana sayfayı görürsünüz