Yapılması mümkündür.

WHM - Cpanel baz alarak anlatıyorum.

ana domain üzerinden sub domain oluşturduğunuzda whm de dns zone bölümünde sub domain için cname, a kaydı, mail gibi ayarlar otomatik olarak oluşacaktır.
Sub domainin a kaydını örneğin x firmadan aldığınız hostingin ip adresini girdiğinizde sub domain yeni hosting üzerinden çalışır ve veritabanı olarak yeni hostingi kullanır herhangi bir sorun yaşamazsınız.

Bir çok projede bu şekilde kullanıyorum sorun yaşamazsınız.

Hosting aldığınız firmaya domain tanımlarken sorun yaşayabilirsiniz ana domain başka yerde olduğu için arayıp ya da ticket açıp sadece sub domaini burada kullanacağım derseniz manuel olarak tanımlamasını yaparlar.