Ben şöyle yapıyorum:
Çerezlerle aynı değerlere sahip sessionlar oluşturuyorum. Session ve çerez eşitse problem yok demektir. Eşit değilse düzenlenmiş demektir. Tabii tarayıcı kapanırsa problem olabiliyor.

Yada çerezleri şifreleyip ana değerlerini yazmayın. Örneğin kendi hash metodunuzla şifreleyip, o hash metodu ile çözülmüyorsa geri o zaman kullanıcı düzenlemiş demektir.