JSON ile versiyon bilgisini parsellersin basit api mantığıyla sonrasında sistem güncel değilse güncelleme uyarısı verdirisin veya güncelenen dosyaları unzip vb.. bir kaç yol ile dize çıkarttır üstüne yazdırırsın. Komplike bir sistem değil aslında standart php betiği..

EDİT: Wordpress tema güncelleme mantığını göz önüne al..
Github example verelim bide tam olsun;
https://github.com/jeremyclark13/aut...-plugin-update