json
veya farklı tablo açsanız?
user | input_id | input_sub_id | deger

şeklinde
veya
id | user | parent_id | deger
şeklinde de olabilir sınırsız alt değer için (sorgulamada recursive sorgu / window function kullanmanız gerekebilir karışık olur sadece SQL'de, performans fazla önemli değilse php'de yaparsınız kolayca)