Hocam ordakiyle şöyle çözüm buldum;

Haricen bir migrate oluşturup, ona tüm tabloları InnoDB yapmasını söyledim. O şekilde oluyor ama benim istediğim, oluşturulan migrate lerin herhangi bir müdahaleye gerek kalmadan bunu yapabilmesiydi.

Teşekkürler.