Çok yönlü Türk âlimi ve tıp insanı olarak tarihe geçen Akşemseddin, 1389 yılında Şam 'da doğdu. İstanbul’un fethi sırasında Fatih Sultan Mehmed’e verdiği destekle bilinmektedir. Şeyh Hamza'nın oğlu oğludur ve asıl ismi Mehmet Şemseddin’dir. Şeyh Hamza (Kurtboğan) ailesiyle beraber geldiği Amasya'da küçük Şemsettin'i pek iyi yetiştirdi. Akşemseddin'in soyu, baba tarafından Ebu Bekir'e dayanmaktadır. İlk tahsilini babasından alan Akşemseddin, 7 yaşında hafız olup, ailesiyle birlikte Çorum-Osmancık kazasının Sarpın kavak köyüne' yerleşmiştir. Babasının vefatından sonra Amasya ve Osmancık medreselerinde eğitimini tamamlayan Akşemseddin, müderrislik payesi aldı ve Osmancık Medresesine müderris oldu. Akşemseddin ayrıca, tıbba ve eczacılığa merak sararak tıp ilmini öğrendi. Daha önceden Abdülkâdir Geylânî, İmam-ı Gazali ve Muhammed Celaleddin-i Rumi gibi örneklerinde görüldüğü gibi, ilim tahsili ile tatmin olmayan Akşemseddin, irfan tahsili için müderrisliği ve medreseyi terk etti. Tasavvufa olan ilgisinden dolayı, İran'ı ziyaret eden Akşemseddin bir süre sonra Anadolu'ya dönmek zorunda kaldı.

Kısa süre tasavvufun bütün yollarını ve inceliklerini öğrenen Aksemseddin, Hacı Bayram Veli'den aldığı izinle Ankara'dan ayrıldı ve Beypazarına yerleşti. Beypazarında büyük bir şöhret bulan Akşemseddin, kısa bir süre sonra oradan da ayrılır ve İskilip'e yerleşir. İskilip'ten de yine aynı kesrete düşme sebebiyle ayrılır ve Bolu'nun Göynük ilçesine yerleşir. Göynük'te de yine bir değirmen ve mescid inşa ettirip, kendi çocuklarının tahsil ve terbiyesi ile meşgul olmuş, diğer taraftan mevcut eserlerini yazmış ve yedi kere hacca gidebilme imkanı bulmuştu. Akşemseddin'in on iki evladı olduğundan bahsedilmekte ise de mevcut diğer kaynaklarda sadece on çocuğundan söz edilmektedir.

Akşemseddin, bilim'de ve tasavvufta olduğu gibi, tıp ve eczacılık alanında da büyük bir üne sahipti. Tıp alanında bulaşıcı hastalıklar üzerinde de önemli çalışmalar yaptı. Araştırmaları sonunda tıp ile ilgili Türkçe Maddet-ül Hayat ve Arapça yazdığı Hall-i Müşkilât ve Risalet-ün nuriyye adlı Tasavvuf Türkçe yazdığı Maddet-ül Hayat’ta geçen Hastalıkların insanlarda teker teker peyda olduğunu zannetmek yanlıştır.Hastalıklar insandan insana gözle görülmeyecek kadar küçük tohumlar vasıtasıyla geçer cümle ile ilk mikrop teorilerinden birini ortaya atmıştır. Tarihte mikroorganizmalardan bahseden ilk kişidir. Sadece beden hastalıkların değil, aynı zamandan ruh hastalıklarının da hekimi olan Akşemseddin, ruh hastalıklarını da tedâvi ederdi.