Base64binarydata(zip dosyası içerisinde xml dosyası) içinde xml dosyyası bulunan zip dosyasının base64 datasını belirtilen yola zip dosyası olarak kaydetmek için;

$sourcePath=WWW_ROOT . "/files/".$filename.".zip";
file_put_contents($sourcePath, base64_decode($base64_string));

Bir xml stringini .zip dosyası içerisinde .xml dosyasına kaydetmek için

$zip = new ZipArchive();
$filename = WWW_ROOT . "/files/test.zip";
if ($zip->open($filename, ZIPARCHIVE::CREATE)!==TRUE) {
}
else{
$zip->addFromString("testfile.xml",$xml_string);
$zip->close();
}

Kodları kullanılmıştır, hepinize teşekkür ederim umarım bu konuda takılanlara yardımı dokunur