comments tablosunda phoneid bazında bir index olduğundan emin olun ---SELECT COUNT(c.id) FROM comments c WHERE c.phoneId = phones.id kısmı
phones tablosunda da aynı index olmalı
SELECT phones.phone,id AS 'phoneId' FROM phones WHERE status <> -1 kısmında eşit değildir koşulu verildiği için index kullanılamazyacaktır.
Index :bir tablonun belirlenen alanlarına göre sıralanmış kopyası , istenen kriterler doğrultusunda veriyi indexsiz haline göre daha hızlı getirecektir.