<input type="text" class="form-control" name="password1" id="phone" placeholder="Şifrenizi giriniz" required>
<input type="text" class="form-control" name="password2" id="fax" placeholder="Şifrenizi doğrulayınız" required>

tarayıcı üzerinde sorunu çözecektir. (Güncel tarayıcılar için)

Bu kod gereksiz öğeler içeriyor.
echo $kullanici_password1=$_POST['password1']; echo "<br>";
echo $kullanici_password2=$_POST['password2']; echo "<br>";

Bunun yerine;

 $minnumber = 4; // en az kaç karaktere izin varsa
$kullanici_password1 = ( isset($_POST['password1']) && strlen($_POST['password1']) >= $minnumber ) ? $_POST['password1'] : false;
$kullanici_password2 = ( isset($_POST['password2']) && strlen($_POST['password2']) >= $minnumber ) ? $_POST['password2'] : "";

if ( $kullanici_password1 && $kullanici_password1==$kullanici_password2 ) {

} else {

}