Indexleri kaldırma bence tabi eski indexler seni rahatsız etmiyorsa; wordpress için adını şuan hatırlamadığım bir plugin var 404`leri otomatik olarak anasafaya veya belirlediğin bir yereatıyor. Zamanla düşer o indexler, hemde o indexlerden yeni yapıya kullanıcı çekmiş olursun.