@muraatydn; aslında temel şifreleme mantığını
@metehandemir; açıklamış. ionCube , zend encode olayları çıkmadan önce base_64 vb php dosya içerik şifrelemeleri kullanılıyordu. sunucu tarafındaki teknoloji ve donanım gücü değiştikçe ionCube ve zend gibi şifreleme yapan ek yazılımlar çıktı. Kendi başına bir ücret vermeden öğrenmek ve yapmak istiyorsan zend şifreleme kısmını araştırabilirsin.
Kendi kullandığın bir dosyayı base_64 yada benzer hash mantığında şifreleme yapacaksan dosyanın güvenliği açısından orjinal dosya > base_32 > base_64 > tekrar base_64 gibi kendinin belirlediği arka arkaya şifreleyerek dosyanın bir nebze güvenliğini sağlaya bilirsin. Her nekadar bu tarz da şifreleme yapsan da illaki dosyalarını çözmek için kendi script içinde nasıl şifrelediğini yazmak zorunda kalacaksın

haliyle zend yada ionCube dosya şifrelemesinden daha kolay dosyalarını çözebilecekler. online şifreleme olarak şu siteye bakabilirsin :
https://emn178.github.io/online-tool...64_encode.html
Sistemin nasıl çalıştığını , dosya güvenliği ( ionCube kırılıyor diye düşünme %100 güvenli hiçbir sistem yoktur , web mantığında içeriği şifrelesen de bu şifreyi tarayıcı yada sunucu tarafına vermen gerekiyor ki şifrelediğin içeriği sunucu yada tarayıcı tarafı okuya bilsin. ) ionCube tarafında nasıl oluyor ve ihtiyacın var ise yazdığın scriptin şifreleme konusunda yardımcı olmaya çalışayım.