win serverdan anlamam ama yorumladığım kadarıyla codeigniter için standart htaccess komutlarının haricinde bir https yönlendirmesi yapılmış.

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

bu işinizi görecektir, buna ek olarak bir https yönlendirmesi de yaptırabilirsiniz
onu da

RewriteCond %{HTTPS} off
RewriteRule ^.*$ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

bunu ekleyerek halledebilirsiniz.