Benim kullandığım htaccess dosyasının içeriği şöyle:

RewriteEngine On
RewriteCond %{SERVER_PORT} 80
RewriteRule ^.*$ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
AddDefaultCharset UTF-8

şimdiye dek hiç sorun yaşamadım, sizin gibi letsencrypt kullanıyorum.