replace kullanarak aşağıdaki gibi ilgili değeri "1000.00" şeklinde düzenlersen para formatı sıkıntı yaratmaz.
Önce nokta yok edilir sonra virgül noktaya çevrilir.

var str1= $("#deger1").val();
var sayi1 = parseFloat(str.replace(".", "").replace(",", "."));