bu tarz projelerde genelde wordpress in kullandığı ezSql kütüphanesini kullanır ve tavsiye ederim.
tüm kodlar aynı iken temel bağlantı kodlarında ufak değişiklik ile mysqli pdo sqlite gibi geçiş yapabiliyorsun.

ama senin problemin bir kütüphane den daha çok sorgularla olduğunu sanıyorum. çünkü salt pdo fonksiyonlarını kullandığın halde seni memnun etmeyen durum var ise izlediğin yolda/sorguda bi sorun vardır diye düşünüyorum.