Ben aralarında ciddi bir ayrım olduğunu düşünmüyorum ama analizler bakımından subdomain biraz daha kendi bağımsızlığını ilan etmiş, tek başına ayrı bir site imajı verir hem kullanıcı hem de google açısından. fakat dizin üzerinden giderseniz, kullanıcı hala sizin sitenizde olduğunu hisseder ve google da ana sitenizin bir parçası olarak görür. Tamamen strateji meselesi.