pkg hazır paketlerdir, kurulumu kısadır. Debian da ki apt-get ile eş değerdir.
Port ise kaynak kodlardan derleme kurulumdur, özeldir, uzun sürer haliyle.
Port özel kurulumlar için idealdir ama özel bir şeyler kurmayacaksanız, pkg kurulumu da rahatlıkla tercih edebilirsiniz, kolay olur çünkü.