Hocam o popup temanizdan kaynaklaniyor ve bu sorunu ancak temanın temiz versiyonunu yükleyerek çozebilirsiniz.
Onun dışında siz bu js dosyasını temanizdan silseniz bile siteye bir ziyaretçi girer girmez tekrardan oluşacak çünkü adamlar ona göre kodlamis.

Bana sorarsanız sitenizden bir gelir elde ediyorsanız vs bu temanızı themeforestten ücretli olarak satın almanızı tavsiye ederim. Öteki türlü temiz versiyonunu bulmanız çok zor hatta imkansız diyebilirim.
Onun dışındaki sorununuz Google la alakalı ama onun şimdilik çözümü yok. Sizin sorununuz birçok site içinde yaklaşık 1 aydır devam eden bir sorun.
Sıralamalar çok fazla değişmiyor ve yeni indexler çok geç sıralamaya giriyor. Önemli olan sabırla beklemek.