Hocam o popup temanizdan kaynaklaniyor ve bu sorunu ancak temanın temiz versiyonunu yükleyerek çozebilirsiniz.
Onun dışında siz bu js dosyasını temanizdan silseniz bile siteye bir ziyaretçi girer girmez tekrardan oluşacak çünkü adamlar ona göre kodlamis.

Bana sorarsanız sitenizden bir gelir elde ediyorsanız vs bu temanızı themeforestten ücretli olarak satın almanızı tavsiye ederim. Öteki türlü temiz versiyonunu bulmanız çok zor hatta imkansız diyebilirim.
Onun dışındaki sorununuz Google la alakalı ama onun şimdilik çözümü yok. Sizin sorununuz birçok site içinde yaklaşık 1 aydır devam eden bir sorun.
Sıralamalar çok fazla değişmiyor ve yeni indexler çok geç sıralamaya giriyor. Önemli olan sabırla beklemek.

@edit​ hocam popup siz kaldirsanizda bir müddet sonra tekrardan çıkacak hatta siz farkına varana kadar Google amca arama sonuçlarında bu site bilgisayarınıza zarar verebilir uyarısını bile çıkartabilir. Böyle bir durumda sitenizin eski sıralamalarını yakalamanız yeni site açıp o sıraya getirmekten çok daha zor oluyor.
Aynı problem aylık yaklaşık 10 bin lira getiren bir sitemde oldu 1 sene öncesinde ve hala siralamalarda yok resmen 100 TL için siteyi hiç ettik..