CNAME olarak kalsın hocam, A kaydı eklerseniz subdomain olarak algılamaya çalışır dolayısıyla oluşturmadığınız bir subdomain için SSL hatası alırsınız.
Cloudflare da *.domain.uzanti olarak A kaydı ekleyin, ip adresini doğru girdiğinizden emin olun son olarakta apache config dosyasını bi gözden geçirin sunucuda belki orada bir eksik vardır.