PHP kodunu sadece .php uzantılı sayfalarda kullanabilirsiniz. Bundan ötürü yapmanız gereken şey yaklaşık olarak şöyle:
1 - js dosyasını import ettiğiniz php sayfasında bir yere şu kodu eklemeniz lazım (script tagları arasına) :

var bassaat = '<?=$bassaat ?>';

3. satırdaki setHours ile şu şekilde güncellenmeli:

var tarih = new Date(window.bassaat);
start.setHours(tarih.getHours(), tarih.getMinutes(), tarih.getSeconds());

Bir iki şeyi değiştirmeniz gerekebilir. Koda müdahale etmeden ancak bu kadar