ioncube tarzı yazılımlarla şifreleyebilirsiniz. PHP aracılığıyla yapılan şifrelemeler tersine çözümlemeyle her şekilde kırılacaktır. Genede bir php obfuscator önerisinde bulunayım;

https://github.com/pH-7/Obfuscator-Class Bunu kullanabilirsin, lakin dediğim gibi. Kırılamaz hale getirilmez bunlar. Sadece işi zorlaştırır, bu şifrelemeyi manual olarak kırmam 5-6 dakikamı aldı sadece..

Sunucu kaynaklı ioncube en iyi çözüm gibi duruyor, tabiki ioncubeninde decoderleri mevcut, en güvenli yol sunucu taraflı kendinizin bir modul yazmasıdır şifreleme için Tabi çalışması için sizin modülü kurması lazım sunucuya, yazılımı kullanmak için. Yani özetle, herhangi bir php sınıfıyla şifreleme yapmanıza gerek yok, ioncube veya zend deneyebilirsiniz.