Copy komudu sadece dosya kopyalayabilir. cp çalıştırır ve recursive olması için bi flag yoktur. şöyle bir kaynak verebilirim;

https://www.geeksforgeeks.org/copy-t...ectory-in-php/

Ama ben olsam herhalde bunu shell_exec(cp -rf kaynakDizin hedefDizin) şeklinde yapardım. Burada dikkat edilmesi gereken şey hedef dizinin varolması.