WindowsServer kullanıyorsunuz sanırım. Bu dosya çalıştıktan sonra çalışan programlarda CronServer.exe var mı bakın?

Mono kullanmışsınız. (deneyimim yok) php çalıştıktan sonra mono çalışıyor mu bakın ve mono exeyi çalıştırmış mı kontrol edilmeli ?